壹、案例：
甲公司為某知名食品股份有限公司，於民國87年間合併另一家台灣知名食品公司（乙公司）100﹪股權，以甲公司作為存續公司，並更名為丙公司。嗣丙公司於89年度營利事業所得稅申報時，以甲公司87年度核定虧損額為基礎，申報前五年核定虧損。惟國稅局認為丙公司不得扣抵87年合併前之甲公司核定虧損額，而將前五年核定虧損本年度扣除額調整為0元。國稅局前開就存續合併與累積虧損之核定，有無適法依據？
貳、盈虧互抵制度」與「企業存續原則」之法理：
稅法注重經濟實質，司法院大法官釋字第420號解釋業已揭明「實質課稅原則」，從而解釋稅法當應以其會計概念作為認識其經濟實質之基礎。根據一般公認會計原則之看法，企業有永續存在之假設，但國家為稅捐課徵之便利，乃將課稅期間劃分為一年，然其並無理論上絕對根據，若將課稅期間延長為二年或甚至更長，則營利事業之課稅所得即會累計二年度或更多年度之累積虧損，為避免人為劃分課稅期間或會計期間，造成課稅所得與經濟實際狀況不符，是所得稅法乃設有盈虧互抵之規定。
就此，所得稅法39條明定：「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第七十七條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前五年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」，依本條文但書規定僅要求公司會計簿據完備，採用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報營所稅者，即可扣抵以往年度之累積虧損。且由本條但書之立法目的以言，其旨在建立誠實申報納稅制度，依此立法目的以觀，並無法推論公司未因合併而消滅時，不得追溯扣抵合併前年度之核定虧損額，是就解釋論而言，並無不得扣除存續公司於合併前之以往年度累積虧損之法令規定。
因「盈虧互抵」乃基於前開「企業存續假設」之原則而來，是以，財政部66年9月6日 臺財稅字第35995號函釋進而謂：「依所得稅法第卅九條規定意旨，公司組織之營利事業前三年內各期虧損之扣除，以各該公司本身有盈餘時，才能適用，旨在使三年經營發生虧損之公司，於轉虧為盈時，可以其盈餘先彌補虧損，俾健全其財務。公司如因被合併而消滅，合併後存續之公司與合併而消滅之公司並非同一公司，自不得扣除因合併而消滅之公司前三年內經該管稽徵機關查帳核定之虧損。」由上開函釋可知，財政部乃係基於企業是否存續作為盈虧得否扣抵之判斷依據，故公司如因被合併而消滅，合併後存續之公司與因合併而消滅之公司並非同一公司，自當不得扣抵消滅公司之核定虧損額。
參、司法院大法官釋字第427號解釋之「訴外裁判」與財政部前後立場互異之解釋函：
一、釋字第427號解釋之訴外裁判：
依學者陳愛娥之見解：我國現行法中賦予司法院大法官抽象釋憲權，然而其乃例外之制度，對大法官審理案件法對抽象釋憲權聲請要件過於寬鬆，大法官應嚴守禁止「訴外裁判」之要求，以突顯司法權「不告不理」之特質，否則在現行大法官會議解釋具有超越個案之一般效力，得拘束全國各機關及人民（司法院大法官釋字第185、188號解釋參照），如有「訴外裁判」將會造成大法官成為某種積極之立法者，形成對大法官會議屬司法者之相悖情事（陳愛娥著，大法官解釋權之界限--由功能法的觀點出發，憲政時代，第24卷第3期，第109、119頁參照）。
在財政部前開66年函釋頒布適用近二十年之後，於 民國86年5月9日 司法院大法官作成釋字第427號解釋，審查財政部前開66年函釋有無違憲、違法，解釋文略謂：「營利事業所得之計算，係以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額，以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算，所得稅法第24條第1項及第39條前段定有明文。同法第39條但書旨在建立誠實申報納稅制度，其扣除虧損只適用於可扣抵期間內未發生公司合併之情形，若公司合併者，則應以合併基準時為準，更始計算合併後公司之盈虧，不得追溯扣抵合併前各該公司之虧損。財政部 中華民國66年9月6日 台財稅字第35995號函與上開法條規定意旨相符，與憲法並無抵觸。至公司合併應否給予租稅優惠，則屬立法問題。」
基於司法院大法官抽象釋憲權及避免訴外裁判之基本認知，大法官釋字第427號解釋之解釋標的既係為財政部66年函釋，故解釋文中所謂『若公司合併者，則應以合併基準時為準，更始計算合併後公司之盈虧，不得追溯扣抵合併前各該公司之虧損。』等語，應認係針對公司如因被合併而消滅，合併後存續之公司與合併而消滅之公司，並非「同一公司」之情形，故在公司合併後自不可追溯合併前各該消滅公司之虧損，此為在釋憲標的內所為之當然解釋。在此等理解之下，大法官釋字第427號解釋乃僅對財政部66年函釋作成合憲宣告，其真意尚非一律排除「存續合併」之案型。
否則，如依釋字第427號解釋之字面文義，逕將「若公司合併者，則應以合併基準時為準，更始計算合併後公司之盈虧，不得追溯扣抵合併前各該公司之虧損。」等語，解釋為不論合併後公司是否與合併前公司相同，均不得追溯扣抵合併前存續公司之虧損，則恐有引發是否有該號解釋有無訴外裁判以及解釋文旁論與解釋文拘束效力之相關爭論。且就存續公司與其他公司之差別待遇，並無其差別目的之所在，反有引入「合併」之因素作為差別待遇之依據，反另有違反「平等原則」之疑慮。
二、財政部就釋字第427號解釋後如何適用法令，前後立場互異之函釋：
於民國86年5月9日 司法院大法官作成釋字第427號解釋後，財政部旋於87年6月2日 以台財稅第871946973號函釋示：「有關司法院大法官議決釋字第427號解釋發布後，本部66年9月6日 臺財稅字第35995號函是否繼續適用問題，本部稅制委員會於研審所得稅法令時，已決議保留該函釋，並繼續適用，故 原處分機關所報公司合併案，仍應依該函辦理。…」
據此，在財政部87年6月2日前開函釋重申財政部66年函釋仍屬繼續有效之解釋函令，公司合併案件仍應依66年函釋辦理之情況下，納稅義務人於進行合併案時即可能因基於信賴「財政部66年函釋」、「87年6月2日 函釋」及「過往實務作業慣例」，認存續合併之案件，合併後公司可扣抵存續公司合併前核定虧損，而申報扣抵存續公司以前年度之累積虧損，就此，人民（法人）即可主張對上開法令具有信賴基礎、信賴表現與值得保護之信賴利益。
然而，在財政部前開87年6月2日 函釋發布後二年，財政部於89年6月5日 又以台財稅第0890454009號函釋：「公司可否除其合併前之虧損，應依大法官釋字第427號辦理。」，財政部並謂前揭66年9月6日 臺財稅字第35995號函，並未明釋合併後仍存續之公司可否扣除以往年度之虧損。由此可見，財政部對於在大法官釋字第427號解釋後，究應如何適用相關法令，其前後立場不一，且形諸於解釋令函之結論，亦有互異，實令人民難以適從。
肆、存續公司「人格實質上同一性」與累積虧損之扣抵
按「解散之公司除因合併、‥而解散者外，應行清算。」、「因合併而消滅公司，其權利義務應由合併後存續或另立之公司承受。」公司法第24條及第75條定有明文。依公司法第24條規定之反面解釋，因合併而解散之公司免行清算。合併消滅公司之所以免行清算程序，係因其權利義務應由合併後存續或另立之公司承受。因合併而消滅之公司，其權利義務既由存續或另立之公司概括承受，且此項承受係基於法律規定之當然承受，具有強行性，則其法人人格當然併存於存續或另立之公司。
合併後存續之公司與因合併消滅之公司在法律上應屬一體，而有其不可分性，亦即具有法人人格實質上同一性，此乃法律上之當然解釋。而合併後之存續公司，乃原各公司之併合，具有法人人格之實質上同一性，無論為公法上或私法上之權利義務，均由其概括承受。。而繳納應納之稅捐為公法上之義務、受領應退之稅捐為公法上之權利，據此，依稅捐稽徵法第十五條規定：「營利事業因合併而消滅，其在合併前之應納稅捐，應由合併後存續或另立之營利事業負繳納之義務。」，足見在公法上亦明定因合併而消滅之公司，其公法上權利義務亦應由合併後存續或另立之公司概括承受。準此，合併前之各公司均符合行為時所得稅法第三十九條但書規定要件者，合併後存續之公司，對於合併消滅公司五年內經核定之虧損應得自本年純益額扣除後再行核課，始符合立法者在體系正義下之基本價值判斷與決定。
伍、企業併購法第38條第1項之適用與溯及既往：
在大法官釋字第427號解釋文最末句亦指出，『至公司合併應否給予租稅優惠，則屬立法問題。』，是如現行有效之公司法、稅法或相關法律有所變動，前述釋字第427號解釋文之訴外裁判之部份，當自有另一番不同之演繹與適用。
事實上，在民國86年5月9日釋字第427號解釋後，立法委員賴士葆等於89年9月間即提出所得稅法第39條修正提案，依其提案說明亦認為：大法官釋字第427號解釋範圍應不包括合併後存續公司可否扣除合併前該存續公司前五年內經稽徵機關查帳核定之虧損，是合併後存續公司與合併前既為同一法人主體，其合併前虧損得予扣除，應為存續公司固有之權利。
嗣於 民國91年1月15日 施行之企業併購法第38條第1項，已針對上開爭議規定：「公司合併，其虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用所得稅法第七十七條所稱之藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額者，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前經該管稽徵機關核定尚未扣除之前五年內各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起五年內從當年度純益額中扣除。」
依學者葛克昌之見解，雖前揭企業併購法第38條第1項並無溯及既往之規定，但非不利於納稅義務人，非屬「溯及禁止原則」之適用範圍，是以，在適用釋字第427號解釋之字面文義，且無從適用所得稅法第39條第1項扣除存續公司合併前之累積虧損之情形下，存續公司當可依實質課稅觀點，主張適用企業併購法第38條第1項扣除相關虧損，以維納稅人基本人權（葛克昌著，稅法基本問題-財政憲法篇，94年2版，第353至357頁參照）。
陸、結語
在類似前引案例之稅捐爭議中，國稅局目前多援引司法院大法官會議釋字第427號解釋，認為依所得稅法第39條前項規定扣除以往年度營業之虧損，僅限於未發生公司合併之情形，若公司合併應更始計算合併後公司之盈虧，合併後存續公司與合併前公司並非同一公司，自不得追溯扣抵合併前各該公司之累計虧損；且謂財政部66年9月6日 臺財稅字第35995號函未明釋合併後仍存續之公司可否扣除以往年度之虧損；或另以財政部89年6月5日 台財稅第0890454009號函示，以明示公司可否除其合併前之虧損，應依大法官釋字第427號辦理等，資為其論據，據以否准合併存續公司扣抵合併前存續公司之虧損。
惟基於「盈虧互抵制度」與「企業存續原則」之法理，公司如因被合併而消滅，合併後存續之公司與因合併而消滅之公司並非同一公司，當不得扣抵消滅公司之核定虧損額。存續公司於合併前後，既仍維持其「法人同一性」，當可扣抵合併前存續公司之核定虧損額。大法官釋字第427號解釋乃僅對財政部66年函釋作成合憲宣告，其真意尚非一律排除存續合併之案型。
前引案例，甲公司乃丙公司合併前之前身，合併後並繼續存續且更名，並無法人格消滅之情，依所得稅法第39條但書之文義解釋、經濟觀察法解釋及法律目的解釋，審酌大法官釋字第427號解釋乃對財政部66年函釋作成合憲宣告，其真意尚非一律排除存續合併之案型，並考量企業併購法第38條第1項之適用或溯及既往，丙公司應可追溯扣抵甲公司84年至87年9月30日間之核定虧損額，始與「盈虧互抵制度」與「企業存續原則」之法理相符。
─高烊輝律師撰，原載於：《稅務旬刊》第1999期第30-33頁，2007年4月10日
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